Quito: Triunvirato provisional: García Moreno, Jerónimo Carrión y Pacífico Chiriboga.

Guayaquil: Jefatura Suprema: General Guillermo Franco.

Cuenca: Franquistas.

Loja: Federalistas: Manuel Carrión Pinzano (17 de septiembre de 1859).

1.ANTECEDENTES Y ACONTECIMIENTOS EN ESTE PERIODO DIFICIL.- Después de una arriesgada entrevistas de García Moreno con Franco en la ciudad de Guayaquil, regresa a Quito para unirse al Gobierno Provisional, Franco manda un piquete de soldados a apresarlo, pero este persecución fracasa. García Moreno en Guaranda, se dirige a Riobamba. El 7 se subleva la tropa adicta al Gobierno de Quito, García Moreno huye a Sicalpa, reúne ahí una pequeña fuerza armada y vuelve a Riobamba para aplastar la rebelión: en Mocha y Molino fusila y mata a algunos de los rebeldes. Entre tanto Flores ofreció para defender la agresión peruana.

El presidente del Perú, general Ramón Castilla, llega a Guayaquil con cinco mil soldados y quince buques; se realiza una entrevista con el buque Amazonas el 2 de Diciembre de 1859, se suspenden las operaciones de guerra hasta que el Ecuador elija su gobierno único, el que tendría poder para tratar con Castilla y terminar el conflicto internacional. A la postre había cuatro Gobiernos en el Ecuador: los de Quito, Guayaquil, Cuenca y Loja. El 25 de enero de 1860 el infame Guillermo Franco celebra con Ramón Castilla el ignominioso e irrito tratado que reconoce como título del Perú para la demarcación de límites, al Cédula meramente administrativa del 15 de agosto de 1802. La Aldea de Mapasingue (Guayaquil) sonde se celebró el tal tratado vino a convertirse en nombre antipático y en baldón nacional de sinonimia. El convenio entre Franco y Castilla significa una verdadera traición a la Patria Por parte de Franco, y la ambición desmedida de Castilla hacia el Ecuador. La indignación fue unánime de los ecuatorianos para protestar en todos los tonos. Muchas poblaciones de la Costa que apoyaron a Franco, se viran y respaldan al Gobierno de Quito. El Congreso del Perú de 1863 desaprobó el inicuo tratado de Mapasingue.