Florísticamente, se estima entre 3.000 a 4.000 el número de especies de plantas existentes en Podocarpus; entre los sitios sobresalientes destaca Bombuscaro por presentar una interesante mezcla de especies de las zonas bajas que se combinan con especies andinas.

Los bosques achaparrados y las orquídeas son también características importantes de la zona; en San Francisco, al noreste del Parque, se encuentran varias especies nuevas o endémicas de orquídeas con características estéticas únicas.
En este hábitat crece además el árbol de Cinchona, importante en el control de la terrible malaria ya que de él se obtiene la quinina, principal medicación para su tratamiento.

Naturaleza - FAUNA

Esta zona se destaca por ser una de las más ricas del mundo en cuanto a avifauna se refiere, con más de 560 especies registradas que representan alrededor del 40% de las aves en el Ecuador.
Se pueden encontrar especies como el pájaro paraguas, el gallito de la peña, loros, colibríes, tucanes y tangaras de hermosos colores que habitan en el Parque debido principalmente a la variedad de hábitats que presenta.
Están también mamíferos como el ciervo enano, pumas, venados, el oso de anteojos, monos araña y tapires.