Para llegar al refugio se toma un desvío que nace en la carretera Panamericana, sobre el sector de Machachi, que conduce a la población de El Chaupi; un tanto más adelante inicia una caminata de hora y media, aproximadamente, que lleva hasta el refugio; el mismo camino carrosable continúa de largo a la población de Sigchos, al sur de la Reserva. Este acceso permite visitar además la parte nororiental del Area, incluida la montaña El Corazón, otro de los atractivos sobresalientes en el sector.

Un segundo acceso desde la carretera Panamericana existe cerca a la población de Lasso, al sur de Machachi; este camino bordea las faldas surorientales de los Illinizas y eventualmente empata con el primero.

La laguna de Quilotoa: Es una laguna de origen volcánico, aproximadamente de 3 km. de diámetro; sus aguas verdes y su forma redondeada tan particular son fáciles de reconocer incluso desde el aire: en un día despejado es fácil ubicarla desde un avión comercial que se aproxime a Quito por el sur. En tierra, la laguna queda a 15 minutos de Zumbagua, poblado que se ubica sobre la vía Latacunga-Quevedo; un vehículo de doble tracción lleva prácticamente a sus orillas. Siguiendo de largo este camino por unos cuantos kilómetros más se llega a la población de Sigchos, donde inician varios senderos que se internan en la Reserva; de ser esta la intención, un guía lugareño es imprescindible.

Pangua y los bosques subtropicales (sector suroccidental): Los dos accesos principales nacen de la misma vía Latacunga-Quevedo; la señalización es nula pero con ayuda de los lugareños es fácil llegar a las poblaciones de Pucayacu, hacia el norte, ó Chonsillí, en la parte sur del Área, sobre el sector conocido como Pangua; desde estos sitios inician caminatas por trochas apenas reconocibles que se pierden en los bosques. Antes de intentar el ingreso por estos sectores es muy recomendable confirmar en las comunidades de la zona el estado de los caminos; en algunas ocasiones, el acceso puede ser imposible.