El Salto del Santiago:
Existen allí piedras planas en medio del río que combinadas con el agua torrentosa y el ambiente selvático componen un escenario sui generis. Desde Borbón toma 3 horas bajar en lancha por el río Santiago hasta el poblado afro de Playa de Oro, donde se encuentra el Centro Administrativo de la Reserva; éste puede brindar refugio básico a 20 personas y allí es posible conseguir algunos alimentos; tras otros 45 minutos de navegación por el río se llega al Salto del Santiago.

Cascada de San Miguel:
Escondida a 8 horas de dura caminata adentrándose en la Reserva desde el Charco Vicente. El esfuerzo vale la pena ya que es común encontrarse en el trayecto con algunos mamíferos mayores y gran avifauna.

Laguna de Cuicocha:
Se elevan en su parte central dos islotes con tres domos de origen volcánico que se pueden visitar en bote y, según cuenta la historia, fueron utilizados como prisión por los antiguos Incas. Un sendero autoguiado alrededor de la laguna permite observar la fauna y flora alto andina, incluyendo varias especies de orquídeas.

Volcán Cotacachi:
Se puede acceder a su base en un vehículo todoterreno desde un desvío en el camino que lleva a la laguna de Cuicocha; el ascenso a pie también es posible desde este punto siempre con el equipo adecuado para escalar.

Páramos y lagunas de Piñán:
Presentan la singular belleza escénica que sólo se halla en las lagunas parameras del Ecuador. Un sendero interpretativo recorre el sector y explica parte de la flora y fauna que allí se encuentra. La pesca de trucha está permitida y es muy recomendable acampar con equipo propio a orillas de la laguna.

Cordillera de Toisán:
Es de muy difícil acceso aunque los paisajes de bosques vírgenes que se pueden apreciar en la zona valen el esfuerzo, especialmente si se decide atravesar la cordillera de Toisán desde la comunidad de El Rosario y descender por sus laderas occidentales hacia los ríos Las Piedras ó Rumiyacu.

Cordillera de Lachas:
Es una zona de bosque húmedo tropical valiosísima por su alto endemismo y diversidad preservados prácticamente sin intervención gracias a lo inaccesible del terreno y al control ejercido sobre este sector. La flora y fauna tropical pueden ser observadas aquí en una de sus formas más puras.