Con el marco fundamental de un ecosistema paramero, existen en el Parque 232 lagunas bien definidas ubicadas sobre sus extensos valles; entre las más
importantes están Lagartococha, Osohuaycu, Mamamag ó Taitachungo, Quinoascocha, La Toreadora, Sunincocha, Cascarillas, Ventanas y Tinguishcocha. Esta gran
cantidad de lagunas regula y conserva a los riachuelos de la zona a través de su drenaje; ríos como el Tomebamba, el Mazán, el Yanuncay y el Migüir
nacen en el Cajas y abastecen de agua potable a la ciudad de Cuenca; son, a la vez, principales aportadores del Complejo Hidroeléctrico Paute, que provee de electricidad
a casi todo el país.
En las alturas de la Cordillera Occidental de los Andes, al oeste de la ciudad de Cuenca, se halla el Parque Nacional Cajas, formado principalmente por grandes elevaciones que
guardan en su interior sistemas lacustres a manera de enormes cajas interconectadas, de allí su nombre - Cajas -.
En el área no existe una marcada regularidad del clima; se dan frecuentes heladas y hay presencia permanente de lloviznas (garúa) y
neblina.