ZONA BAJA
La flora típica del bosque húmedo tropical se presenta completa en las zonas más bajas de la Reserva, especialmente a lo largo de la muy biodiversa Cordillera de Guacamayos.
La intervención humana aquí ha sido muy limitada debido principalmente a las pendientes pronunciadas y a la dificultad general de acceder a la zona.
FLORA: árboles de cedro, cedrillo, nogal, canelo, arrayán.

Naturaleza - FAUNA

ZONA ALTA
La fauna sobresaliente está constituida principalmente por aves; resaltan el cóndor de los andes, cuya mayor población se cree sobrevive en esta Reserva. Los mamíferos, aún pueden encontrarse, con un poco de suerte.
AVES: Algunos tipos de patos, curiquingues, quilicos, gligles, gaviotas de la sierra y colibríes.
MAMIFEROS: lobos de páramo, cervicabras, venados de cola blanca, conejos, chucuris y zorrillos

ZONA BAJA
La fauna tiene su máximo representante en el oso de anteojos, aunque también es posible encontrar otros mamíferos. Las copas de los árboles son compartidas entre varios tipos de monos y aves.
Uno de los conflictos que actualmente vive la reserva son los de las actividades de la caza y la pesca.
MAMIFEROS: oso de anteojos,pumas, dantas, armadillos, monos.
AVES: loros, tucanes de altura, gallitos de la peña, pavas y gallaretas.