La vegetación natural es de gramíneas mayoritariamente, adaptada al frío, con suelos que retienen una gran cantidad de agua, por lo que se
considera a la Reserva como una verdadera "esponja" que abastece este líquido vital a toda la provincia del Carchi. Son el lugar de nacimiento de muchos ríos
que eventualmente depositan sus aguas en las importantes cuencas de los ríos Mira y El Angel; no en vano se los considera los páramos más húmedos del Ecuador.
Las áreas aledañas a la Reserva se han deforestado para fines agrícolas y para extraer leña. Es así que la
Reserva intenta mantener su cubierta natural y proteger los bosques, especialmente los de frailejones, paisaje típico de este páramo que domina alrededor
del 85% de su superficie.
Dado que al interior de la zona existen propiedades privadas y de comuneros desde antes de la creación de la Reserva, la práctica
tradicional de actividades agrícolas y pecuarias genera ciertas amenazas para los ecosistemas que mantiene. La capa vegetal del suelo se degrada con estos fines
y el uso excesivo de fertilizantes y agroquímicos han contaminado algunos ríos del lugar; a todo esto se suman quemas frecuentes del pajonal por parte de los
hacendados con el fin de preparar el suelo para la siembra. No obstante, estas actividades han venido disminuyendo paulatinamente desde la creación de
la Reserva.