Isla San Cristóbal: Donde existen dos especies de fragatas y una de cucuve endémico a la isla; en Punta Pitt se pueden apreciar tres especies de piqueros. Además, existen al interior de esta isla lagunas y riachuelos de agua dulce.

Isla Floreana: En Punta Cormorant existe una laguna donde se pueden ver flamingos, además de algunos lobos marinos y piqueros de patas azules en sus alrededores. Existe un cono volcánico semi-sumergido llamado Corona del Diablo, ideal para hacer buceo superficial ó buceo de profundidad para observar corales y diversa fauna marina.

Isla Santa Cruz: El Centro de Interpretación Van Straelen, en Puerto Ayora, es parte importante de la visita a las islas. Se recorre un sendero interpretativo que atraviesa las instalaciones del Servicio Parque Nacional Galápagos y de la Estación Científica Charles Darwin. Este Centro presenta información sobre geología, evolución, endemismo, especies introducidas y asentamientos humanos en las islas. Siguiendo este camino se llega al criadero de tortugas, en donde se puede observar y fotografiar a las famosas tortugas gigantes de Galápagos.

Isla Isabela: De actividad volcánica interesante, presenta además una fauna representada por tortugas gigantes, iguanas marinas de gran tamaño, flamingos, cormoranes no voladores y pingüinos. Existe un sendero interpretativo en el Centro de Crianza de Puerto Villamil, importante sitio de visita, donde se mantienen tortugas adultas, juveniles y recién nacidas.

Isla Santiago: Se puede visitar Bahía Sullivan, Caleta Bucanero, Playa Espumilla y Puerto Egas. Posee paisajes volcánicos impresionantes, lobos de dos pelos, flamingos y gavilanes, entre lo más sobresaliente.

Isla Española: Especies endémicas como el albatros, el cucuve, la lagartija y la iguana marina se encuentran aquí. Tortugas gigantes repatriadas habitan también la isla como resultado del Programa de Reproducción en Cautiverio llevado a cabo por el Parque Nacional Galápagos y la Estación Científica Charles Darwin; no obstante, estas tortugas no están a la vista del turista.

Isla Plaza Sur: Se visita el sector oriental de la isla. Se encuentra una de las colonias de lobos marinos más grandes del archipiélago, además de iguanas terrestres y un hermoso bosque de cactus.

Genovesa: Es uno de los pocos lugares en donde anidan piqueros de patas rojas. Unica isla del norte del Archipiélago en la que se cuenta con sitios de visita terrestres.