El clima y por tanto la vegetación, del Parque han sido determinadas decisivamente por la convergencia alternante frente a sus
costas de la corriente fría de Humboldt y la corriente cálida de Panamá, fenómeno que ha marcado en el Parque dos épocas
del año claramente definidas: una lluviosa de enero a mayo, y otra seca de junio a diciembre. A esta particularidad marina hay que añadir la
igualmente determinante influencia de la cordillera costera Chongón-Colonche, con su agreste orografía que caprichosamente atraviesa el Parque
ocasionado variaciones microclimáticas únicas y la presencia de espectaculares acantilados.
Machalilla que se compara en importancia y magnitud a su fabulosa muestra de especies marinas y terrestres; el Parque es un verdadero museo
natural de la historia precolombina del Ecuador y Sudamérica. En esta zona se han encontrado varios Turismo-Sitios que contienen contundente evidencia
arqueológica de las más importantes culturas de la costa ecuatoriana, entre ellas la cultura Valdivia, posiblemente el asentamiento humano
más antiguo de sudamérica; estos hallazgos han probado que al área de Machalilla constituyó un centro de comercio marítimo
importantísimo a nivel regional.
Es uno de los parques nacionales más visitados del Ecuador; contiene, a más del territorio continental, las islas Salango y de La Plata, varias
islas menores e islotes pintorescos, y un área marina de dos millas náuticas que se adentra en el mar desde la costa.