El ranconchal es una zona también característica de este ecosistema; son extensiones inundadas periódicamente por las mareas altas ó por las lluvias intensas, que se hallan cubiertas predominantemente por una especie de helecho arbustivo que puede sobrepasar los 2 m. de altura.

A más de la zona de manglar y el ranconchal, la Reserva también incluye extensiones pequeñas de bosque húmedo tropical ubicadas hacia el sector continental y al interior de las islas. Gran cantidad de especies forestales se hallan aquí como el peine de mono, el roble y el chanul -especie endémica de madera muy preciada-.

En la Reserva se encuentran también bosques de guandales, que se caracterizan por ser zonas pantanosas con suelos muy inestables, en donde de encuentran árboles de cuángare, sajo, tangaré, el anime y el sande.

Naturaleza - FAUNA
Asociadas al manglar viven muchas especies acuáticas; la concha macho, la concha hembra, el ostión y el piacuil, entre los moluscos, y el tasquero, el cangrejo azul, el cangrejo rojo y el camarón, entre los crustáceos, son una muestra de la diversidad que las raíces del mangle guarda; la explotación artesanal de muchas de estas especies por parte de las comunidades adyacente ha sostenido sus economías por décadas.

Entre los mamíferos más representativos está el periquillo ó flor de balsa, un hormiguero pequeño que se alimenta frecuentemente sobre los árboles de mangle; la iguana verde es una de las especies más comunes de reptiles, cuya carne y huevos son consumidos por los lugareños.

En los ríos con gran caudal se puede observar al pato cuervo y al pato aguja; en los canales menores, en cambio, a la garza blanca y a la garza morena.