Las Lagunas de Jatuncocha y Garzacocha son especialmente atractivas por la flora y la fauna características del lugar. Este sector del río Yasuní
es un excelente sitio para observar delfines rosados.
Al Río Tiputini es posible acceder con relativa facilidad y el recurso escénico armado con flora y fauna espectaculares, es uno de sus mayores atractivos.
Conduce además, a la población de Nuevo Rocafuerte.
La Laguna de Añango es conocida por su atractivo entorno natural. Desde la comunidad quichua de Añango existe un sendero que conduce a la laguna; es un camino
peatonal que toma al rededor de 1 hora y media para completarse existiendo también la posibilidad de pasear en canoa por la misma laguna.
La navegación por los Ríos Shiripuno, Tigüino y Cononaco implica disfrutar del paisaje tan exótico y extraordinario de la zona, al tiempo que la
flora y fauna típicas toman especial representatividad.
Al igual que el resto de ríos dentro del Parque, el río Curaray es de gran atractivo e incluye pequeñas lagunas con una gran biodiversidad. Fuera, pero
muy cerca del límite sur del Parque se encuentra la población de San José de Curaray a la cual se puede acceder por vía aérea; esta comunidad
se caracteriza por la elaboración de artesanías que se comercializan al exterior del
Parque.