La Reserva está compuesta básicamente por la Laguna de Limoncocha en sí (antiguamente llamada Capucuy), las zonas adyacentes a
ésta y la Laguna Negra ó Yanacocha. Estrechamente relacionada con el río Napo, su espejo de agua tiene una superficie aproximada de dos y medio
kilómetros cuadrados que guardan una de las mayores diversidad biológica en el mundo. Es característica la población de caimanes, especialmente
la del negro, y una gran muestra de aves.
De acuerdo a la clasificación de Holdridge, toda la Reserva pertenece a la zona de vida correspondiente al bosque húmedo tropical, pero dentro
de éste existen muchos otros ambientes interesantes como los pantanos permanentes, las tierras inundadas, la tierra firme y los ecosistemas acuáticos. Existe en
la Reserva, durante todo el año, una constante radiación solar y la humedad atmosférica suele ser mayor al 80%, sin embargo, en días claros y
soleados, esta humedad desciende a casi el 50% al tiempo que la temperatura se eleva hasta los 30ƒ; las hojas del dosel, entonces, están sometidas a una sequía
extrema durante largas horas del día por lo que han debido desarrollar varios mecanismos de defensa contra la desecación. Hojas con cutículas más
gruesas, estructuras similares a vellos ó asociaciones con musgos y líquenes son algunas de las características que diferencian a la vegetación de
dosel en la Amazonía.