Laguna de Zancudococha (Iriparí): Su nombre no se debe a la abundancia de mosquitos en la laguna, sino más bien a un mal entendido: el nombre indígena de la laguna es "soncora¥", que para los Sionas y Secoyas quiere decir "laguna del pequeño pez que llamamos son¥co", lo que al oído mestizo sonó de alguna manera como "zancudo". Abarca desde la desembocadura de la quebrada Zancudo en el río Aguarico, su drenaje natural, hasta el cuerpo de agua de la laguna propiamente. Es la laguna de aguas negras más grande y redonda de la Amazonia ecuatoriana; en esta zona del río Aguarico la selva está bien conservada siendo posible observar mucha fauna de río, especialmente al delfín rosado de la amazonía. Desde Zancudo, existe una trocha militar que conduce hacia el río Tiputini y varios otros senderos interesantes que serpentean por la selva. Así mismo existe una torre de observación, Sacha Urcu, que mide 18 m. de alto y permite ver con una nueva óptica los distintos estratos del bosque.

Complejo del Río Lagarto: Está formado por el río Imuya, la Laguna de Imuya, el Río Lagarto y las lagunas Redondococha, Delfincocha y Lagartococha, más otras numerosas lagunas menores. Esta zona forma parte de un enorme conjunto de lagunas y ríos más grande (10.000 hectáreas aprox.) que es compartido con el Perú. Aquí existe un sendero de ocupación tradicional en el río Aguarico, en el sitio denominado Huagrahurco, que conduce hacia la quebrada Imuya. Esta zona cuenta con una gran diversidad faunística y florística, constante de toda la Reserva. En particular es posible observar delfín rosado en el Río Lagarto y manatíes, ocasionalmente, en la Laguna de Imuya, además de gran cantidad de ruidosos loros multicolor.

Río Cuyabeno: Este río, que da su nombre a la Reserva, es de gran atractivo; al navegar por él se puede observar gran cantidad de pantanos, lagunas y zonas de inundación temporal. La vegetación es abundante al igual que la fauna. El sector más visitado está comprendido entre las Lagunas de Cuyabeno y las Playas de Cuyabeno; en quillas a remo es posible internarse en ríos pequeños de aguas negras que desembocan en este río y observar de cerca caimanes y tortugas, especialmente en salidas nocturnas.