Las comunidad Cofán de Sábalo es una interesante opción para realizar ecoturismo; ofrece tours de selva, venta de artesanías en una casa-museo y cuatro cabañas para alojamiento. Es una comunidad sumamente organizada y está muy preparada para guiar por sus senderos en el bosque.

Los Sionas, por su parte, cuentan con construcciones rústicas de piso de madera y techos de hojas de palma que sirven para el alojamiento de los turistas.

Los quichuas ofrecen tours de selva y cabañas para alojamiento. Cuentan, además, con un programa de ecoturismo que se desarrolla en el Río Aguas Negras y en los alrededores de Playas de Cuyabeno.

Todas estas actividades se realizan en coordinación con la administración de la Reserva e implican planificación previa al arribo de los turistas.