Para acceder al área se debe llegar a Nueva Loja (Lago Agrio) por vía terrestre ó aérea; una vez allí,
se continúa por la vía Tipishca que conduce hasta Tarapoa y un tanto más adelante llega al puente sobre el río Cuyabeno. Desde este
punto se sigue el curso del río para acceder hasta las lagunas del Cuyabeno.
También es posible ingresar al Area navegando por el río Aguarico desde Lago Agrio ó desde la población cercana
de Chiritza, en jornadas de viaje muy largas pero que muestran al visitante la inmensidad del bosque amazónico.